腓特烈对该机构进行了许多改革。
这些改革总的来说，主要是建立一些新的职能型政府部门，以代替全能型的总理衙门，加强对部门经济的领导。
在绍庆二十年到武狩六年之间，他先后建立了工商部、军事管理部、财务关税部、矿业冶金部、林业部等新的职能型部门。
这些部门使得普鲁士拥有了一个体系健全的政府经济部门，加强了对经济工作的统一有效领导。
其次，腓特烈很早就注意到了，欧洲之所以无法研制出后膛枪，主要原因在于火帽和冶金技术不达标上。
所以他因地制宜，采取不同政策促进采矿业和冶金业的发展，同时大力支持国内的二百余名中外学士对火帽的成分进行研究。
为了加强对普鲁士重工业的开发和领导，腓特烈还成立了普鲁士矿业部。
他指示该部门的负责人海尼茨制定重组和扩大普鲁士制铁工业的计划，并拨出足够的财政来用于扩大和改善采矿业和冶金业。
除此之外，他从牛顿对查理二世的一些建议中看到了粮食对于眼下欧洲的重要性。
在欧洲各国严重依赖大明宗藩进口粮的局势下，他出行政策限制粮食进口，并开始对普鲁士的农业进行深层次改革。
他利用手中的军队，将普鲁士国内的农奴制废除，并不断鼓励移民，扩大普鲁士王国的生产者队伍。
在他过去统治普鲁士的十八年时间内，普鲁士一共新建了三百余座农民村落，有二十余万农户移居普鲁士。
这些移民除随身携带了大量实物外，还带来了他们的技艺。
对于这些移民，腓特烈也积极减免赋税、免服兵役等措施优待移民。
在居民增加后，他开始大力兴修水利，开垦荒地，扩大国家耕地面积，使得普鲁士的农业环境蒸蒸日上。
最后，他还对军队进行改革，彻底效法定国等大明藩国，在发展军备工业的同时，改组骑兵和炮兵的训练方式，严明军队的军纪和完善军队的战略战术，。
在他的改革下，普鲁士的国力在不断提升。
截止武狩六年年底，普鲁士拥有常备军六万四千人，两千三百余门加农炮、三百门臼炮和一百二十门榴弹炮，全军装备燧发枪和米尼弹，以及可以随时征兵四万，全军装备的四万军备武器。
因此，此时的普鲁士并未因为大明插手欧洲政治格局而变得弱小，而是在神圣罗马帝国多次